經歷了5個階段，滿足條件后抵扣→90天內認證后抵扣→180天內認證后抵扣→360天內認證后抵扣→無限制，只要認證相符就可以抵扣。
1995年1月1日至2003年2月28日滿足條件（工業，入庫后；商業，付款后；勞務，付款后）才能抵扣；2003年3月1日至2009年12月31日在90天內認證的才能抵；2010年1月1日至2017年6月30日（后來改為2016年12月31日）在180天內認證的才能抵；2017年7月1日（后來改為2017年1月1日）至2020年2月28日（后來改為無限制）在360天內認證的才能抵；2017年1月1日起無限制，只要認證相符就可以抵。
【依據】（滿足條件才能抵扣）(國稅發[1995]15號)《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理工作的通知》（全文廢止）第二條：增值稅一般納稅人購進貨物或應稅勞務，其進項稅額申報抵扣后的時間，按以下法規執行： （一）工業生產企業購進貨物（包括外購貨物所支付的運輸費用），必須在購進的貨物已經驗收入庫后，才能申報抵扣進項稅額，對貨物尚未到達企業或尚未驗收入的，其進項稅額不得作為納稅人當期進項稅額予以抵扣。 （二）商業企業購進貨物（包括外購貨物所支付的運輸費用），必須在購進的貨物付款后才能申報抵扣進項稅額，尚未付款或尚未開出、承兌商業匯票的，其進項稅額不得作為納稅人當期進項稅額予以抵扣。 （三）一般納稅人購進應稅勞務，必須在勞務費用支付后，才能申報抵扣進項稅額，對接收應稅勞務，但尚未支付款項的，其進項稅額不得作為納稅人當期進項稅額予以抵扣。 增值稅一般納稅人違反上述法規的，按偷稅論處，一經查出，則應從當期進項稅額中剔除，并在該進項發票上注明，以后不論其貨物到達或驗收入庫，或支付款項，均不得計入進項稅額申報抵扣。 （90天內）（國稅發〔2003〕17號）《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票進項稅額抵扣問題的通知》第一條（該條已廢止）：增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，必須自該專用發票開具之日起90日內到稅務機關認證，否則不予抵扣進項稅額。 （180天內）（國稅函〔2009〕617號）《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（全文廢止）第一條：增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。 （360天內）（國家稅務總局公告2017年第11號）《國家稅務總局關于明確營改增有關征管問題的公告》第十條第一款：自2017年7月1日起，增值稅一般納稅人取得的2017年7月1日及以后開具的增值稅專用發票和機動車銷售統一發票，應自開具之日起360日內認證或登錄增值稅發票選擇確認平臺進行確認，并在規定的納稅申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。
（無限制）（國家稅務總局公告2019年第45號）《國家稅務總局關于取消增值稅扣稅憑證認證確認期限等增值稅征管問題的公告》第一條第一款：增值稅一般納稅人取得2017年1月1日及以后開具的增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、機動車銷售統一發票、收費公路通行費增值稅電子普通發票，取消認證確認、稽核比對、申報抵扣的期限。納稅人在進行增值稅納稅申報時，應當通過本省(自治區、直轄市和計劃單列市)增值稅發票綜合服務平臺對上述扣稅憑證信息進行用途確認。
